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纯种繁育是指在本品种内部，通过选种、选配、改良培育条件等措施，以提高品种性能的一种育种方法。其基本任务是保持和发展一个品种的优良特性，增加品种内优良个体的比重，克服该品种的某些缺点，达到保持品种纯度，提高品种品质的目的。

在以上章节中，已经分别阐述了按外貌、体尺类型、血统来源、生产能力、系谱和后代的品质来选择马的方法。但要选出合乎种马要求的个体，好是按上述指标综合选种，这样，可防止出现偏差，但也要在不同的育种阶段分清选择主次，各有侧重，如育种初期，应将体尺类型作为，而体尺类型基本达到育种要求后，选择的就转到体质外貌，后转到生产性能提高上。当然，血统来源和后代品质在育种阶段都应重视。
选配就是在选种的基础上，按照人们的育种需要，有目的、有计划地选择合适的公马和母马交配，以获得优良的后代。根据交配个体时间的表型特征或亲缘关系，通常将选配方法分为品质选配和亲缘选配。

按配种公母马双方的个体品质进行选配，所谓品质，可以是体质类型，生物学特征、性能等，也可以是遗传品质。选择体质类型，生产性能相同的公母马交配，以期获得与双亲品质相似的后代，巩固加强它们的优点，就是同质选配。但要注意的是，须好的公马配好的母马，不能是一般的配一般的，双方只能有共同优点，而不能有共同缺点。母马用公马交配，母马用公马交配。