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分子量一般在1000道尔顿以下，被称作小肽，寡肽、低聚肽也称为小分子活性肽。小肽一般是指由2－3个氨基酸组成的寡肽，平均分子量约300道尔顿。
蛋白质（胶原蛋白）在消化道中的消化终产物往往大部分是小肽而非游离氨基酸，小肽能完整地被吸收并以二、三肽形式进入血液循环，小肽在蛋白质营养中有着重要的作用。
提高水产动物消化酶活力，促进消化吸收
水产动物消化道分化简单，且消化道较短，酶数量亦较少，肠壁转运氨基酸的载体数量不足，供能状态和消化功能较差。饲料中添加小肽制品可提高消化酶的活力，从而促进营养物质的消化吸收。
促进氨基酸吸收，提高蛋白质的合成利用率，促进水产动物生长
与游离氨基酸相比，小肽的转运吸收系统具有转运速度快、耗能低、不易饱和等特点。小肽能以完整的形式被机体吸收进入循环系统，从而被组织直接利用来合成蛋白质或其他生理活性物质，提高蛋白质的合成效率，促进了水产动物机体的生长。
改善饲料风味，促进水产动物摄食
饲料风味和适口性直接影响鱼类的采食量，进而影响其行为和生长性能。有些小肽(调味肽)通过模拟、掩蔽，增强风味从而提高饲料的适口性。具有不同氨基酸序列的小肽可以产生多种风味，如：Gly-Leu、Pro-Glu等具有增强风味的作用;阿斯巴甜(Aspartarne)可以作为甜味剂用于增强饲料的甜度。此外，有些小肽可刺激神经、诱发食欲，如阿片肽、酪啡肽;还有些小肽可通过调节内源性激素的分泌来调控采食。
小肽具有多种生理功能，小肽营养的必需性已被许多试验所证实，与游离氨基酸相比，小肽在吸收率和利用率上的优势已被人们认可。但小肽在水产动物饲料中的应用仍然处于初始阶段，因此加强小肽营养的理论研究，探讨小肽在水产动物体内的吸收、代谢及其作用形式很有必要。
生物活性小肽在饲料工业中的应用
1. 改善饲料风味，提高饲料的适口性，具有饲料诱食剂的功能
具有不同氨基酸序列的活性肽可以产生多种风味:酸、甜、苦、鲜、咸。某些生物活性肽可以改善饲料的风味，提高饲料的适口性。
2. 代替部分抗生素
研究发现，某些生物活性肽既具有抗菌活性又具有抗病毒活性，并可以促进肠道内有益菌的生长，提高消化吸收功能，是非常有前途的抗生素替代品。
3. 满足畜禽对蛋白质的需求，促进机体生长
动物对完整蛋白质或肽有特殊需求，尤其是小肽对畜禽的营养具有重要作用，为使畜禽达到佳生产性能，供给动物一定量的小肽。
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