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在以上章节中，已经分别阐述了按外貌、体尺类型、血统来源、生产能力、系谱和后代的品质来选择马的方法。但要选出合乎种马要求的个体，好是按上述指标综合选种，这样，可防止出现偏差，但也要在不同的育种阶段分清选择主次，各有侧重，如育种初期，应将体尺类型作为，而体尺类型基本达到育种要求后，选择的就转到体质外貌，后转到生产性能提高上。当然，血统来源和后代品质在育种阶段都应重视。
选配就是在选种的基础上，按照人们的育种需要，有目的、有计划地选择合适的公马和母马交配，以获得优良的后代。根据交配个体时间的表型特征或亲缘关系，通常将选配方法分为品质选配和亲缘选配。
按配种公母马双方的个体品质进行选配，所谓品质，可以是体质类型，生物学特征、性能等，也可以是遗传品质。选择体质类型，生产性能相同的公母马交配，以期获得与双亲品质相似的后代，巩固加强它们的优点，就是同质选配。但要注意的是，须好的公马配好的母马，不能是一般的配一般的，双方只能有共同优点，而不能有共同缺点。母马用公马交配，母马用公马交配。
另一种选配是异质选配，即选择具有不同性状的公母马交配，以期将两个性状结合在一起，从而获得兼有双亲不同优点的后代，或者选择同一性状但优劣程度不同的公母马交配，以良好的性状纠正不良性状，使后代获得较大改进和提高。例如：用、公马与二级、三级母马交配。但不能用凸腰的公马与凹腰的母马交配。
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