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骑乘马的选种分为自然选择和人工选择。自然选择为自然气候和地理条件起主要作用，对原始群牧管理的品种，如我国土种马的作用较大，人工选择不仅要挑选个体做种用，而且还要创造与选种方向相适应的培育条件。
另一种选配是异质选配，即选择具有不同性状的公母马交配，以期将两个性状结合在一起，从而获得兼有双亲不同优点的后代，或者选择同一性状但优劣程度不同的公母马交配，以良好的性状纠正不良性状，使后代获得较大改进和提高。例如：用、公马与二级、三级母马交配。但不能用凸腰的公马与凹腰的母马交配。
即根据交配双方的亲缘关系进行交配，可分为近交和远交，如亲子、祖孙、叔侄，全同胞间交配叫近交，远堂兄妹之间交配叫远交。近交既能巩固个体的有益性状，也会使近交后代生活力下降，适应性变差，繁殖力降低。因此，慎重地、巧妙地应用。对于马驴的选配，无论采用哪种方法，都要考虑配偶双方的年龄。凡是青年和年龄的个体都要选择壮龄的配偶，而青年或老龄公母之间不能交配。
